Tsunade décide alors de former une nouvelle équipe qui partirait à la rencontre de cet espion, Kakashi ne pouvant venir à cause de blessures. Sakura et Naruto font évidemment partie de cette nouvelle équipe et Tsunade décide de mettre Yamato à la tête de cette équipe. Le quatrième membre de cette équipe est Sai, jeune homme qui n'a aucune histoire et aucun sentiment, qui ignore les liens qui peuvent unir une équipe. Evidemment, il y a des tensions entre lui et Naruto.
La nouvelle équipe se met alors en route vers le point de rendez-vous et des conflits de plus en plus virulents ce font entre Sai et Naruto. Heureusement, Yamato arrive à canaliser ses membres. Mais Sakura perd tout de même son sang froid quand Sai insulte Naruto et le frappe au visage.
Finalement arrivés au lieu de rendez-vous, Yamato se métamorphose en Sasori (Henge no Jutsu) et retrouve l'espion qui se trouve être le bras droit d'Orochimaru : Kabuto. En fait, Kabuto n'avait pas trahi son maître, car celui-ci était également au lieu de rendez-vous. Un combat commence alors entre le ninja légendaire et Naruto. Celui-ci perd le contrôle de soi au profit de son démon intérieur Kyuubi et quatre queues apparaissent. A ce stade, il n'a plus rien d'humain et va jusqu'à blesser Sakura au bras. Finalement, Orochimaru s'enfuit, en compagnie de Kabuto et de Sai, jusqu'à son repaire. Le clone de Yamato les suit de loin. Sakura, Naruto et le vrai Yamato se lancent à leur poursuite.
arrivés au repaire, ils retrouvent d'abord Sai, qu'ils pensent être un traitre mais qui se révèle être un espion travaillant à la solde de Konoha. Sai avoue alors avoir vu Sasuke. Sakura et Naruto partent immédiatement à sa recherche mais c'est Sai qui le retrouve en premier et tente de le capturer pour le ramener auprès de Sakura et Naruto. Mais Sasuke, qui vient d'être tiré de son sommeil, fait littéralement exploser la pièce dans laquelle il se trouve. Sakura est alors la première à revoir Sasuke qui a bien changé... Commence alors un combat clairement au désavantage de l'équipe Yamato, combat interrompu par Orochimaru et Kabuto, qui souhaite que les ninja de Konoha restent en vie, étant également ennemis de l'Akatsuki.

